Tương Hoàng kỳ và Chính Hoàng kỳ được tách ra từ năm 1615, khi đội quân của bốn kỳ ban đầu (Hoàng, Lam, Hồng, Bạch) được chia thành tám kỳ và do đích thân Nỗ Nhĩ Cáp Xích chỉ huy. Sau khi Nỗ Nhĩ Cáp Xích qua đời, con trai là Hoàng Thái Cực trở thành Đại Hãn và chỉ huy cả hai Hoàng kỳ. Sau đó, Thuận Trị đế kế quản Chính Bạch kỳ sau khi Nhiếp chính vương Đa Nhĩ Cổn qua đời. Kể từ đó, Hoàng đế trực tiếp quản lí Thượng Tam kỳ ̣(Tương Hoàng kỳ, Chính Hoàng kỳ và Chính Bạch kỳ). Bởi vì được quản lí bởi Hoàng đế cho nên Tương Hoàng kỳ cũng như Thượng Tam kỳ không có kỳ chủ. Thị vệ của Tử Cấm Thành cũng được tuyển chọn từ Thượng Tam kỳ.